999

エターナル編は、2004年に41話が掲載され、2005年の松本の漫画家50周年を記念した「ビッグコミックスペリオール」の増刊に描き下ろしの4話が掲載されたのを最後に新エピソードが描かれず、伏線の多くは回収されないままとなっている。エターナル編は、劇場アニメ版2作の設定が取り込まれているために、原作アンドロメダ編からの純粋な続編ではない。ただし単行本ではアンドロメダ編の続きの巻として番号が割り振られて刊行が行なわれている。このエターナル編からは、松本によって積極的に世界観の拡大や設定の変更が行われ、他作品『宇宙海賊キャプテンハーロック』『クイーン・エメラルダス』『新竹取物語 1000年女王』『ニーベルングの指環』といった作品と物語がリンクし、メーテルとエメラルダスの関係に至っては漫画のアンドロメダ編とそれを基にしたテレビアニメでは「ライバル」だったが、エターナル編では「姉妹」に変更されている。

これについて2008年発行のゲーム情報誌『ファミ通』999号でも、（999という洒落で）999を題材とした表紙を描き下ろした際のインタビューにおいてエターナル編についても触れ、最終話の構想について「エンドマークはまだつけていない」「連載は終了ではなくあくまで中断」「自分の物語は時空を越えて全て繋がった一つの世界で時の輪をめぐる物語として描いている」と語っている。
アンドロメダ編から1年後が舞台。鉄郎が再びメーテルと共に999号に乗り、アルテメータ星系にあるという終着駅・エターナルに到着するまでを描く。

アンドロメダ編が原作、テレビアニメ版、劇場アニメ版とそれぞれが別の展開をし、異なる結末を迎えており、本作は漫画という表現形態でありながら、原作アンドロメダ編の直接の続編ではなく劇場版の続編と取れる表現があり、はっきりとはしていないためエターナル編については色々な解釈がされている。（wikipedia参照）